Wentylacja systemu musi być przeprowadzona bardzo starannie. Z jednej strony należy usunąć gazy fermentacyjne z szamba, a z drugiej strony zapewnić właściwą wentylację oczyszczalni Biorock.
Średnica podana w instrukcji BIOROCK wynosi 100 mm. Jest to standard europejski i to właśnie pod tym kątem system BIOROCK przeszedł wstępne testy certyfikacyjne i działa w innych krajach.
Średnica 110 mm stosowana powszechnie w Wielkiej Brytanii jest wartością minimalną. W celu podjęcia niezbędnych środków ostrożności, podobnie jak w przypadku instalacji każdego systemu wentylacji sanitarnej, nie należy wykonywać kolanek pod kątem 90°. System będzie działał idealnie z kolanami 45° bez spadku wstecznego. Średnica przewodów wlotowych do osadnika gnilnego musi być co najmniej równa średnicy wylotu ścieków z budynku.